1、相应的法律法规不健全随着代理记账机构的增加，记账业务量的扩大，一些代理机构记账服务质量不高已成为主要问题之一。笔者认为其主要原因是由于《代理记账管理办法》(以下简称《办法》)本身存在一些制度上的缺陷。比如:
(1)《办法》只在代理记账机构设立时对从业人员在职称、资格上做出了下限的规定，但没有随着机构的发展、从业人员的增加在会计专业技术职称上设置一个合理的比例，这将大大降低会计从业人员的业务素质，从而导致代理记账机构服务质量不高。
(2)委托代理记账业务其实质是单位财务会计业务的外包，但《办法》缺乏某些提高财务报表质量的制度设置以及由财务报表生成的会计信息披露机制，这有可能导致代理记账服务质量的下降。
影响小企业代理记账的内部因素分析（烟台代理记账：http://www.543210.com.cn/ 烟台公司注册）
1、代理记账人员自身的问题首先，代理记账的从业人员所受教育的程度不同，其文化水平参差不齐，而不同学历的财务人员从事相同的工作，可能会造成一些高学历工作人员的心理不平衡，造成代理记账的人员流动频繁、工作效率低等情况。其次，有些代理记账从业人员的原则性不强，缺乏敬业精神，甚至有些代理记账公司为了拉拢客户，人为帮助企业制造虚假信息。
2、代理记账行业自身存在的问题目前代理记账行业竞争激烈，财务公司普遍存在着进入门槛低，从业人员业务水平不高的特点，使得大部分代理记账的账务处理混乱，仅仅是为了应付税务局，只顾短期利益，没有考虑到企业长远利益，为企业以后的发展壮大埋下了严重的隐患，也给企业带来了巨大的财税风险。
(3)《办法》对代理记账机构本身设置了具体的监管方式，但对其提供服务产品的监管却未作具体规定，记账服务质量不高在所难免。
2、对代理记账机构监管不到位财政部门作为代理记账机构的审批部门，每年都对代理记账机构进行例行年检，但日常事务繁多使得其管理往往停留在代理记账许可证及年检时的审核上，反而对代理记账机构的工作流程、业务质量没有进行有效的监管。税务部门认为既然财政部门是其审批部门，从事的业务又主要是财务会计业务，代理记账机构只要按期纳税就可以。
而工商部门只对代理记账机构是否合法经营进行过问。这样使得代理记账机构得不到有力的监管甚至监管缺位。不力的监管导致了代理记账市场秩序混乱。
3、代理记账被认知的程度不够由于各地的经济发展水平及推行力度不一，我国的代理记账行业发展极不平衡。首先，从政府部门重视程度来看，代理记账机构不能同其他行业一样享受到政府的税收优惠以及财政等方面的扶持政策，甚至有的县区的政府机构不支持代理记账机构的存在，一定程度上制约了相应的发展。其次，中小企业认识不足。
